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Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  34 lines
  1. ******************************************
  2. * Avidin / Streptavidin family signature *
  3. ******************************************
  4.  
  5. Avidin [1]  is a minor constituent of egg white in several groups of oviparous
  6. vertebrates.  Avidin,  which was discovered in the 1920's, takes its name from
  7. the  avidity  with which it binds biotin. These two molecules bind so strongly
  8. that is highly difficult to separate them. Streptavidin is  a protein produced
  9. by Streptomyces  avidinii    which    also  binds biotin and whose sequence is
  10. evolutionary related to that of avidin.
  11.  
  12. Avidin and streptavidin both  form  homotetrameric  complexes of noncovalently
  13. associated chains.  Each  chain  forms a very strong and specific non-covalent
  14. complex with one molecule of biotin.
  15.  
  16. The C-terminal domain of  a protein from purple sea urchin  has been shown [2]
  17. to be related to the sequences of avidin and streptavidin.  This protein seems
  18. to consist  of an N-terminal section that  contains  at  least nine EGF-type A
  19. repeats followed by a C-terminal avidin-like domain.
  20.  
  21. As a signature sequence  for  this  family of proteins we selected a conserved
  22. domain located  in  the  C-terminal  section  of  avidin/streptavidin  and the
  23. avidin-like domain.
  24.  
  25. -Consensus pattern: [DN]-x(2)-K-[STA]-x(2)-V-G-x-[DN]-x-[FW]-T-[KR]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28. -Last update: October 1993 / Text revised.
  29.  
  30. [ 1] Green N.M.
  31.      Meth. Enzymol. 184:51-67(1990).
  32. [ 2] Hunt L.T., Barker W.C.
  33.      FASEB J. 3:1760-1764(1989).
  34.